EC-CUBEの機能にモバイルショップの同時開店がありますが、今回のお客様には必要ないとのことでしたので、携帯ショップは閉じました。

しかし、携帯用の受注確認メールが届く。のは、何故？

調べてみると、パソコンで閲覧していても、登録されているメールアドレスが携帯メールアドレスの場合は、携帯用のテンプレートが選択されるようです。

うーん。
下記記事（自分ちだけど）を参考に、パソコンのテンプレートと統一するしかなさそうです。

メールテンプレート{order}部分