別のレンタルサーバからさくらインターネットへネームサーバに切り替えたとき、無料SSLの申し込みが1日ほどできなかったので、なんとかならないかなぁとネットを調べていたら下記のような記事がありましたので、メモ代わりに投稿しておきます。

【さくらインターネット】ネームサーバーを切り替えずにSSL化する方法
https://nldot.info/how-to-bring-free-ssl-to-the-internet/

この方法を取らない場合は、DNSが切り替わって無料SSLの申し込みをするまでに、1日ぐらいはサイトが見れない期間が出来てしまうという認識で正しいようです。