【作業した流れと行った対策をつれづれと書く】（【まとめ】は一番最後にしました）
普通に、htmlフォルダとdataフォルダをアップして、
htmlフォルダ下のinstallフォルダにアクセスすると、
internal server error
が出ます。

.htaccessを削除します。

するとインストール画面に。
そうしてスムーズに必要事項を書き書き送信します。

インストールはつつがなく終わるのですが、今度は文字化けです。

画面の文字は化けませんが、画面から送信したマルチバイドの文字が文字化けします。

UTF-8の環境にする必要があります。
（前に、スマイルサーバにWordpressをインストールしたときに、php.iniを入れてUTF-8の環境にしたことがありました）
以下の手順で行います。（スマイルサーバーのwordpressのインストール方法のページより抜粋）

（抜粋開始）—————————
php.iniの変更
１．スマイルサーバへFTPでログインを行い、「/cgi-data/.php/php.ini.org」を一旦ダウンロードしてください。
２．展開したファイルはテキストエディタで開き、以下のようにファイルを編集してください。
■修正箇所
mbstring.internal_encoding = EUC-JP
↓
mbstring.internal_encoding = UTF-8
■追加
mbstring.default_charset = UTF-8
2.修正後、上書き保存してください。

3.php.iniファイルのアップロード
「/cgi-data」へアップロードしてください。

4.アップロードしたファイルの名前を「php.ini.org」から「php.ini」へ変更してください。

（抜粋終了）—————————

あとは、/data/class/SC_DbConn.phpのL65あたりの
「//MySQL文字化け対策(MySQLで文字化けする場合は以下のコメントアウトをはずして動作確認してみてください。)」
の通りにコメントを外します。

都道府県名が文字化けしたままです。
これは再度インストールが必要かと思い、再度インストールしましたが、やはり文字化けしたままです。

EC-CUBEをインストールしてみた。（@Shoulder.jp）

を参考に、キャッシュを消してみました。これで都道府県の文字化けがなくなりました。

【まとめ】
スマイルサーバーにEC-CUBEをインストールするには、
１．php.iniを変更してUTF-8の環境にしておく。
２．htmlフォルダの.htaccessは削除する。
という作業が必要です。

最後の「都道府県」の文字化けについては、おそらく１．２．の順で準備してからインストールすれば問題はないと思います。
また、本インストール時に流れを確認しますので、そのとき報告します。

あとは、SSLとか心配だなー・・・。